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ILAS Seminor ゲノム解析練習環境
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ILASセミナー(2017)用イメージ

docker run --rm -it -v ${PWD}:/root/data/ qqep685d/ilas2017

OS

Ubuntu 14.04 LTS
(初期カレントディレクトリ: /root/data)

基本コマンド/ソフト等

wget, make, gcc, unzip, git, python, build-essential, zlib1g-dev, libncurses-dev, vim, nano
(python (version 2): Bowtie2に必要)

DNA-seq関係ソフト

bwa (0.7.12), samtools (1.3.1), bcftools (1.3.1), htslib (1.3.1)

RNA-seq関係ソフト

Bowtie2 (2.1.0), Tophat2 (2.0.14), cufflinks (2.2.1)

アライメント、系統樹作成

muscle (3.8.31), mafft (7.123b), RAxML (7.2.8), PhyML (20131022)

Jupyter Notebook

python 3, biopython (1.68), scipy, numpy, pandas, matplotlib, seaborn

Docker Pull Command
Owner
qqep685d