aokad/pmsignature repository overview

⁠Dockerfile

• latest: https://raw.githubusercontent.com/aokad/pmsignature-dockerfile/master/Dockerfile⁠

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Run pmsignature⁠, next run paplot⁠ .

1. Preparation

1-1. Create the work directory ($ {work}) on your machine. 1-2. Put the mutation list (input.txt) under the directory $ {work}. (sample⁠)

About mutation list

Enter tab delimited in the following order. Do not enter any other columns or headers. And change file name to "input.txt".

• Sample ID
• Chromosome (starts with "chr"),
• Variant position
• Reference base
• Alternative base

2. Execute

Docker run with -v ${work}:/work option.

• linux export work=./tmp
• Windows export work=/c/Users/xxx/tmp

docker run -v ${work}:/work aokad/pmsignature:latest /bin/bash /run.sh

3. Output files

• ${work}/paplot ... HTML reports from paplot⁠
• ${work}/*.RData ... R workspaces. (full...run pmsignature with type=full, ind...run pmsignature with type=independent, numeric...number of class)
• ${work}/*.json ... paplot Input files. Formatted from RData.

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pmsignature⁠ を実行した後、paplot⁠ を出力します。

1. 事前準備

ホスト側に作業ディレクトリ (${work}) を作成し、その下に変異リスト (サンプル⁠) を用意します。

変異リストについて

以下の順にタブ区切りで入力します。その他の列やヘッダを入力してはいけません。ファイル名はinput.txtに変更してください。

• サンプル名
• 染色体（先頭にchrが必要です）
• 変異の位置
• Reference base
• Alternative base

2. 実行

作業ディレクトリ (${work}) を指定して実行してください

• linux系 export work=./tmp
• Windows export work=/c/Users/xxx/tmp

docker run -v ${work}:/work aokad/pmsignature:latest /bin/bash /run.sh

3. 出力ファイルについて解説

• ${work}/paplot ディレクトリ...HTML レポートです。詳しくはpaplot⁠ を参照ください。
• ${work}/*.RData ...pmsignature実行時のRのworkspaceです。(fullはpmsignature type=fullでの実行結果、indはpmsignature type=independent での実行結果、数字はクラスタリング数です)
• ${work}/*.json...paplot入力ファイルです。paplotを再実行する際に使用できます。