bilbb/deg-rnaseq repository overview

Imagen docker para curso de Análisis de Expresión Diferencial de Genes (RNA-seq) de BioScienceApp.

Crear directorio workdir para los datos

$ mkdir workdir 

Ejecutar contenedor

$ docker run --rm -it --init -v "$PWD/workdir:/home/bioinfo/workdir" bilbb/deg-rnaseq:latest

Nota: es posible ejecutarlo con podman (agregar opciones Z,U al volumen):

$ podman run --rm -it --init -v "$PWD/workdir:/home/bioinfo/workdir:Z,U" bilbb/deg-rnaseq:latest

Ejecutar programas dentro del contenedor:

(base) bioinfo@18f20b0ec996:~$ fastqc -v
FastQC v0.12.1

Nota: Los datos del directorio local workdir están en el contenedor en /home/bioinfo/workdir

Salir:

(base) bioinfo@18f20b0ec996:~$ exit