bilbb/metagenomica repository overview

⁠Imagen docker para curso de Metagenómica de BioScienceApp.

⁠Listado de programas

• FastQC
• Bowtie2
• Trimmomatic
• Trim-galore
• Megahit
• Kraken2
• IDBA
• Quast
• Prokka
• Kaiju
• Mummer
• Pyani
• Clustalo
• Phyml
• Raxml-ng
• Flye
• MaxBin2
• Metaphlan
• Spades
• Assembly-stats

⁠Instrucciones de ejecución

Crear directorio workdir para los datos:

$ mkdir workdir 

Ejecutar contenedor:

$ docker run --rm -it --init -v "$PWD/workdir:/home/bioinfo/workdir" bilbb/metagenomica:latest

Nota: es posible ejecutarlo con podman (agregar opciones Z,U al volumen):

$ podman run --rm -it --init -v "$PWD/workdir:/home/bioinfo/workdir:Z,U" bilbb/metagenomica:latest

Ejecutar programas dentro del contenedor:

(base) bioinfo@49dc8faf8599:~$ kraken2 --version
Kraken version 2.1.3
Copyright 2013-2023, Derrick Wood ([email protected])
(base) bioinfo@49dc8faf8599:~$ prokka --version
prokka 1.14.6

Nota: Los datos del directorio local workdir están en el contenedor en /home/bioinfo/workdir

Salir:

(base) bioinfo@49dc8faf8599:~$ exit