chemowakate/tutorial-7th
A tutorial environment for chemo-wakate 7th.
2.2K
chemowakate/tutorial-7th repository overview
tutorial-7th
このリポジトリは第7回ケモインフォマティクス入門講座の講義資料を収めたものです
勉強会の開催概要などは以下のページを御覧ください
事前準備について
受講者の方はこのページをよく読み、事前にハンズオン環境の準備を整えておいてください。
所要時間は1時間ほどです。
Docker による仮想環境の構築は参加者全体で同じ環境を用いることができることが利点です
Dockerを利用できない場合にはご自分で同じ環境を構築していただいても参加することが可能です
環境依存の問題に対応しやすいため、Docker環境を使用することを推奨しています
Dockerのインストール
ご使用のOSに合わせて以下のドキュメントを参考にDockerをインストールします。
余裕のある方は続けてチュートリアルも実践してみるとより理解が深まります。
Windowsの方
Windows10の方
こちらからDocker for Windowsをインストールしてください
:warning: Windows32bitの場合はDockerを使用できないので こちらを参考に環境構築をお願いします
:warning: Docker Quickstart Terminal の起動の再、以下のメッセージが表示されて失敗する場合、Docker toolbox のインストール時に Install VirtualBox with NDIS5 driver[default NDIS6] にチェックを入れて再度インストールしてみてください
Looks like something went wrong... Press any key to continue...
Macの方
- OSX Yosemite 10.10.3より前のOSをお使いの場合は Docker toolbox を利用してDockerをインストールしてください
- OSX Yosemite 10.10.3以降の最新のOSをお使いの場合は Docker for mac を利用してDockerをインストールしてください
- Docker Community Edition for Mac - Docker Store
- Stable版がおすすめです
それ以外のOSの場合
- not supported
インストールの確認
以下のコマンドを実行し、コンソール上に同様の出力を得られたらインストールは完了しています
$ docker run hello-world
Hello from Docker!
This message shows that your installation appears to be working correctly.
To generate this message, Docker took the following steps:
1. The Docker client contacted the Docker daemon.
2. The Docker daemon pulled the "hello-world" image from the Docker Hub.
3. The Docker daemon created a new container from that image which runs the
executable that produces the output you are currently reading.
4. The Docker daemon streamed that output to the Docker client, which sent it
to your terminal.
To try something more ambitious, you can run an Ubuntu container with:
$ docker run -it ubuntu bash
Share images, automate workflows, and more with a free Docker ID:
https://cloud.docker.com/
For more examples and ideas, visit:
https://docs.docker.com/engine/userguide/
ハンズオン環境および講義資料のインストール
ハンズオン用のDockerイメージをインストールし、講義資料をJupyterで閲覧できるようにします
リポジトリのクローン
任意の位置で実行してください
git clone https://github.com/chemo-wakate/tutorial-7th.git
:bulb: Windows環境で git がインストールされていない場合は以下のページから git をインストールしてください
ハンズオン環境のダウンロード
ファイルサイズが約2GBと大きいので注意してください
docker pull chemowakate/tutorial-7th
インストールの確認
ダウンロードしたDockerコンテナで講義資料を表示できることを確認します
sh ./run_jupyter.sh を実行後表示されるURLにWEBブラウザからアクセスし、 chemo というディレクトリが表示されていればインストールは完了しています
$ sh ./run_jupyter.sh
Execute the command: jupyter notebook
[I 08:59:34.877 NotebookApp] Writing notebook server cookie secret to /home/jovyan/.local/share/jupyter/runtime/notebook_cookie_secret
[W 08:59:34.897 NotebookApp] WARNING: The notebook server is listening on all IP addresses and not using encryption. This is not recommended.
[I 08:59:34.924 NotebookApp] JupyterLab alpha preview extension loaded from /opt/conda/lib/python3.6/site-packages/jupyterlab
JupyterLab v0.27.0
Known labextensions:
[I 08:59:34.926 NotebookApp] Running the core application with no additional extensions or settings
[I 08:59:34.930 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /home/jovyan
[I 08:59:34.930 NotebookApp] 0 active kernels
[I 08:59:34.931 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at: http://[all ip addresses on your system]:8888/?token=c0e5995458d0d57e88de3a726bd0a594d474c28831f093ef
[I 08:59:34.931 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).
[C 08:59:34.933 NotebookApp]
Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time,
to login with a token:
http://localhost:8888/?token=c0e5995458d0d57e88de3a726bd0a594d474c28831f093ef
ブラウザで確認した際のイメージ
chemo/ の中にこのリポジトリの内容が入っているのを確認できます
localhostでアクセス出来ない場合
Windowsで Docker Quickstart Terminal を使用してjupyterを起動した場合、 http://localhost:8888 でうまくアクセス出来ない場合があります
その場合、 http://192.168.99.100:8888 でアクセスを試してみてください
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1.8 GB
Last updated
almost 9 years ago
docker pull chemowakate/tutorial-7th