komais/assembly repository overview

⁠genome_assemble

⁠Assembly

HiFi 组装流程：Current: V1.2.0 2026.01.01 : 详细更新日志⁠

• 当前仅支持纯 HiFI 组装及 HiFI + HiC 组装模式

⁠HiC

HiC 流程：Current: V2.0.0 2026.01.03 : 详细更新日志⁠

• 如果提供参考基因组, 需事先手动处理为染色体级别, 否则影响共线性挂载;
• 超大基因组(如小麦)无法自动跑通chromap步骤, 需手动处理;

⁠Annotation

注释流程：Current: V1.6.1 2026.01.01 : 详细更新日志⁠

• 当基因组小于 3G 时，不建议切割染色体做重复序列注释；
• 结构预测优先级：
  1. 必须使用近缘物种蛋白序列
  2. 提供二代转录组时：尽可能多的使用提供的数据如 iso-bam, 转录本 (fa)
  3. 不提供二代转录组时：仅使用转录本 (fa)
• 不提供homo.lst时，需要提供处理好的近缘物种统计结果，节省计算资源

⁠Evolution

未开始