komais/evolution_main_function repository overview

⁠genome_assemble

目前: 二代数据(转录,HiC)为raw时, 需手动过滤为clean后使用, 后续会更新到流程里.

⁠Assembly

HiFi 组装流程：Current: V1.2.1 2026.03.02 : 详细更新日志⁠

• 当前仅支持纯 HiFI 组装及 HiFI + HiC 组装模式. HiFi + HiC 模式下暂无报告

⁠HiC

HiC 流程：Current: V2.0.1 2026.03.02 : 详细更新日志⁠

• 如果提供参考基因组, 需事先手动处理为染色体级别, 否则影响共线性挂载; 非标准染色体名称需修改为标准染色体名称(如: chr1)
• 超大基因组(如小麦)无法自动跑通chromap步骤, 需手动处理;

⁠Annotation

注释流程：Current: V1.6.3 2026.05.11 : 详细更新日志⁠

• 当基因组小于 3G 时，不建议切割染色体做重复序列注释；
• 结构预测优先级：
  1. 必须使用近缘物种蛋白序列(流程自动基于提供的基因组和注释文件提取)
  2. 提供二代转录组时：尽可能多的使用提供的数据如 iso-bam, 转录本 (fa)
  3. 不提供二代转录组时：仅使用转录本 (fa), 转录本文件需手动在 project_info 中提供;
• 不提供homo.lst时，需要提供处理好的近缘物种统计结果，节省计算资源

⁠Evolution

单一模块均测试通过, 待全局测试;

⁠Population

群体流程: V 1.0.0 : 详细更新日志⁠

搭建中......