merge.plで生成されたORFのmultiple fasta fileに対してCOG DB, RefSeq DBでBLAST検索を行った結果から、ヒットしなかったORFのmultiple fasta fileを出力するスクリプト。実行にBioPerlが必要であるため、base imageとしてyookuda/bioperlを使用する。
docker run \
-v data_dir_path:/data \
--rm \
yookuda/fa4tr \
perl /scripts/fa4tr.pl \
--fa /data/<同定されたORFのmultiple fasta file> \
--cog /data/<COG DBでのBLAST検索結果ファイル> \
--ref /data/<RefSeq DBでのBLAST検索結果ファイル> \
--out /data/<COG, RefSeqでヒットしなかったOFRのmultiple fasta file>
Content type
Image
Digest
Size
172.3 MB
Last updated
over 10 years ago
docker pull yookuda/fa4tr